Đến năm 1190 Alexios đã trở lại triều đình của người em út, và từ đó ông nhận được danh hiệu cao quý sebastokratōr. Tháng 3 năm 1195 trong lúc Isaakios II đang bận đi săn ở Thracia, Alexios được binh sĩ phò tá làm hoàng đế với sự ủng hộ ngầm từ vợ của Alexios là Euphrosyne Doukaina Kamatera. Alexios đã bắt được Isaakios tại thành Stagira ở vùng Makedonia, sai người móc mắt, và từ đó trở thành một tù nhân bí mật, mặc dù trước đây đã từng được Alexios bỏ tiền chuộc ra khỏi chốn lao tù tại Antiochia và tận hưởng quyền cao chức trọng trong triều.[2]

Để bù đắp cho tội ác này và củng cố vị thế của mình với tư cách là hoàng đế, Alexios đã phải bỏ ra rất nhiều tiền của nhằm lấp đầy ngân khố, và tùy tiện cho phép các sĩ quan quân đội được rời khỏi Đế quốc thực sự không có khả năng tự vệ. Những hành động này chắc chắn dẫn tới sự hủy hoại nền tài chính quốc gia. Giáng Sinh năm 1196, Hoàng đế La Mã Thần thánh Heinrich VI đã cố gắng buộc Alexios phải trả cho ông cống phẩm trị giá 5.000 pound (sau đó đã đàm phán giảm xuống mức 1.600 pound) vàng hoặc phải đối mặt với một cuộc xâm lược. Alexios đã gom góp tiền bằng cách cướp phá lăng mộ các đời vua trước tại nhà thờ các Thánh Tông Đồ và đánh thuế nặng dân chúng, dù cái chết của Heinrich vào tháng 9 năm 1197 có nghĩa là vàng sẽ chẳng bao giờ được mang đến nữa. Vị hoàng hậu tài năng và cương nghị Euphrosyne đã cố gắng trong vô vọng hòng giữ vững lòng tin của Alexios và triều thần của mình; Vatatzes, sủng thần của bà trong những nỗ lực cải cách đương thời, đã bị ám sát theo lệnh của hoàng đế.[2]

Ở phía đông, lãnh địa của Đế quốc bị người Thổ Seljuk giày xéo; từ miền bắc, Vương quốc Hungary và quân khởi nghĩa người Bulgaria và Vlach tràn xuống như thác đổ tàn phá không nương tay các tỉnh vùng Balkan của Đế quốc, đôi lúc còn thâm nhập đến tận Hy Lạp, trong khi Alexios tiêu xài phung phí quốc khố vào việc xây cất cung điện và vườn tược, đồng thời cố xử lý cuộc khủng hoảng thông qua các phương tiện ngoại giao. Những nỗ lực của Hoàng đế nhằm tăng cường sự bảo vệ đế quốc bằng những nhượng bộ đặc biệt cho giới pronoia (giai cấp quý tộc) ở vùng biên cương trọng yếu vì nó đã làm tăng tính tự chủ cho địa phương đó. Chủ quyền của Đông La Mã vẫn còn tồn tại nhưng đã yếu đi nhiều so với các thời trước.